Gesualdo Bufalino nasce a Comiso, in provincia di Ragusa, il 15 novembre 1920 dalla madre Maria Elia, casalinga, e dal padre Biagio, un fabbro ferraio istruito con la passione per i libri. Sin da bambino Bufalino dimostra di avere dimestichezza con il mondo della parola e della scrittura. È affascinato dai dizionari e dalle antologie poetiche presenti nella piccola biblioteca del padre.

Inizia gli studi liceali a Ragusa. Dopo due anni ritorna a Comiso, divenuta nel frattempo sede di liceo classico; suo insegnante d'italiano è un valente dantista, Paolo Nicosia, allievo di Giovanni Alfredo Cesareo. Nel 1939 Bufalino vince per la Sicilia un premio di prosa latina sull'orazione Pro Archia di Cicerone, bandito dall'Istituto Nazionale di Studi Romani. Sono, questi, gli anni della scoperta della letteratura europea, della lettura dei grandi classici francesi e russi, della passione per Baudelaire e del suo tentativo di retroversione dei Fiori del male, dall'italiano in francese, non possedendo un'edizione in lingua. Negli stessi anni Bufalino scrive versi influenzati dalle letture compiute e i suoi interessi culturali sono completati dalla grande attenzione per il cinema, specie quello francese.

Nel 1940 Bufalino si iscrive alla Facoltà di Lettere dell'Università di Catania, ma nel '42 è costretto ad interrompere gli studi per la chiamata alle armi. Di stanza a Campobasso, è trasferito per un corso di allievi ufficiali a Fano, nelle Marche, dove conosce e stringe amicizia con Angelo Romanò, scrittore e intellettuale milanese di formazione cattolica. All'indomani dell'8 settembre 1943 si trova a Sacile, in Friuli; sbandato, sfugge avventurosamente alla cattura dei tedeschi e si rifugia presso degli amici a Reggio Emilia.

Nell'autunno del 1944 si ammala di tisi e si ricovera presso l'ospedale di Scandiano. Qui un medico assai colto gli mette a disposizione un'imponente biblioteca. Durante la degenza Bufalino si reca nello scantinato del sanatorio per leggere diversi libri. Scopre e legge, in francese, per la prima volta la Recherche di Proust. Dopo la fine della guerra si trasferisce in un sanatorio della "Conca d'Oro", a Palermo. In questo periodo collabora, su sollecitazione dell'amico Romanò, alle riviste lombarde "L'Uomo" e "Democrazia", pubblicando alcune liriche e qualche prosa.

Riprende gli studi iscrivendosi all'Università di Palermo. Nel marzo del 1947, appena guarito, si laurea in Lettere e rientra a Comiso senza più allontanarsene. Nel 1949 partecipa ai concorsi di Stato e consegue l'abilitazione per l'insegnamento. Ottiene la prima nomina presso l'Istituto Magistrale di Modica dove vi insegna per due anni; successivamente ottiene il trasferimento a Vittoria, dove insegnerà fino al 1975, all'Istituto Magistrale "G. Mazzini".

Nel 1950 inizia una lunga elaborazione del romanzo Diceria dell'untore, ma non va oltre l'abbozzo. In questo periodo continua a tradurre Les fleurs di Baudelaire e Les Contrerimes di Toulet. Legge vari libri, vede molti film, ascolta musica jazz.

Nel 1971 completa la stesura di Diceria dell'untore e ha inizio una decennale revisione dell'opera. Nel 1976 coordina gli interventi confluiti nella miscellanea di Comiso viva, volume pubblicato dalla Pro Loco, di cui Bufalino stende la prefazione e tre sezioni della raccolta. Nello stesso anno scopre in una dimora patrizia di campagna di un amico un gruppo di vecchie fotografie scattate fra la fine dell'800 e gli inizi del '900 da due notabili comisani, Gioacchino Iacono e Francesco Meli; ne organizza una mostra a Comiso e scrive la prefazione ad un piccolo catalogo. Nel 1978 le foto vengono pubblicate in volume da Enzo ed Elvira Sellerio col titolo Comiso ieri. Immagini di vita signorile e rurale, accompagnato da una lunga introduzione di Bufalino. Il testo suscita la curiosità di Elvira Sellerio e Leonardo Sciascia che lo sollecitano a pubblicare sue eventuali opere. Solo nel 1981 Bufalino si decide ad estrarre dal cassetto il suo primo romanzo, Diceria dell'untore, che riscuote un grande successo di critica e di lettori, sancito dalla vittoria del Premio Campiello. Rotti gli indugi, Bufalino inaugura un quindicennio di intensa attività produttiva con grandi e piccoli editori.

Nel 1981 muore il padre Biagio, dopo una lunga agonia. Nel dicembre del 1982 contrae "prudentissime nozze" con una sua ex allieva, Giovanna Leggio, dopo un lungo fidanzamento. In questo periodo inizia a collaborare con continuità a "Il Giornale" di Indro Montanelli e, saltuariamente, a "La Stampa" di Torino, "Corriere della Sera", "La Repubblica", "Il Messaggero", "L'Epresso", "La Sicilia" e "Giornale di Sicilia". Nel 1988 vince il Premio Strega col romanzo Le menzogne della notte, pubblicato da Bompiani. Nel 1992 per i "Classici Bompiani" viene pubblicato il primo volume delle Opere 1981-1988 di Gesualdo Bufalino, a cura di Maria Corti e Francesca Caputo.

Il 14 giugno 1996 Bufalino muore presso l'ospedale di Vittoria a causa di un incidente d'auto.

Fra le tante sue opere, ricordiamo ancora: Museo d'ombre (Sellerio 1982), L'amaro miele (Einaudi 1982), Dizionario dei personaggi di romanzo da don Chisciotte all'Innominabile (Il Saggiatore 1982), Argo il cieco ovvero I sogni della memoria (Sellerio 1984), Cere perse (Sellerio 1985), L'uomo invaso e altre invenzioni (Bompiani 1986), Il malpensante. Lunario dell'anno che fu (Bompiani 1987), La luce e il lutto (Sellerio 1988), Saldi d'autunno (Bompiani 1990), Qui pro quo (Bompiani 1991), Calende greche. Ricordi di una vita immaginaria (Bompiani 1992), Il Guerrin Meschino. Frammento di un'opra dei pupi (Bompiani 1993), Bluff di parole (Bompiani 1994), Il fiele ibleo (Avagliano 1995), Tommaso e il fotografo cieco ovvero il Patatrac (Bompiani 1996). Nel 2007, con l'uscita per la collana "Classici Bompiani" del secondo volume delle Opere 1989-1996 di Bufalino, a cura di Francesca Caputo, si completa la pubblicazione della produzione letteraria complessiva dell'Autore.

Le sue opere sono state tradotte in francese, inglese, tedesco, spagnolo, catalano, basco, portoghese, olandese, danese, svedese, greco, sloveno, russo, ebraico, giapponese, coreano.